发展传统医学，方南没有忘记《本草纲目》这本神作。
《本草纲目》一共五十二卷，是李时珍从嘉靖三十一年开始撰写至万历六年结束，稿凡三易。
此书采用“目随纲举”编写体例，故以“纲目”名书，以《证类本草》为蓝本加以变革。
书中序例相当于总论，述本草要籍与药性理论；卷“历代诸家本草”，介绍明以前主要本草种；次辑录明代以前有关药物气味阴阳、五味宜忌、标本阴阳、升降浮沉、补泻、引经报使、各种用药禁忌等论述，其中又以金元诸家之论居多。
卷～为“百病主治药”，沿用《证类本草》“诸病通用药”旧例，以病原为纲罗列主治药名及主要功效，相当于一部临证用药手册。
卷～为各论，收药种，附图种。
几乎可以将《本草纲目》称呼为这个时代里传统医学的“百科全书”，学徒只要背会背会《本草纲目》，再在老师的照看下进行几年实习，基本上可以出师。